Die Stabsstelle Forschungsprämie ist verantwortlich für die Abwicklung und strategische Ausrichtung des Geschäftsfeldes Forschungsprämie. Die Stabsstelle koordiniert den internen Ablauf der Begutachtung und übernimmt das Management der gutachterlichen Tätigkeit. Zusätzlich nimmt sie Aufgaben im Bereich des Monitoring und Berichtswesen wahr.
Die Stabsstelle ist Schnittstelle zum Auftraggeber Bundesministerium für Finanzen (BMF) und den Finanzämtern. Sie ist verantwortlich für die Kommunikation nach außen, unter anderem die Kundenberatung inklusive Betrieb einer Hotline, das Beschwerdemanagement und die Betreuung der Stakeholder.